L'encre à base de soja, comme son nom l'indique, est fabriquée à partir de graines de soja. Les résines et cires utilisées sont également des additifs naturels, ce qui rend l'encre extrêmement écologique et biodégradable. Une encre est considérée comme à base de soja si au moins 6 à 40 % d'encre est composée de soja. L'encre à base de pétrole, quant à elle, est fabriquée à partir de pétrole brut. Ce type d'encre est toxique, inflammable et émet des composés organiques volatils en séchant.